Liman atık kabul tesisi lisanslı 4 kamyon ve 8 tanker römorktan oluşan kara filosu ile hizmet vermektedir. Liman ayrıca iskelede kurulu expipe vasıtasıyla da atık alma kapasitesine sahiptir.
Gemi kaynaklı atıklar liman kabul tesisine alındıktan sonra sırasıyla susuzlaştırma, dekantasyon, ayrıştırma ve buharlaştırma adımları ile işlenir.
Çıktı olarak elde edilen susuz slop, sintine, slaç, atık yağ ve atık-solvent iç ve dış lisanslı geri dönüşüm ve geri kazanım tesislerine gönderilmektedir.
Proses sürecinde çıkan atık su kimyasal arıtma prosesiyle arıtılarak su kirliliği kontrol yönetmeliği (skky) ne göre desarj edilmektedir.